حدد قانون الخدمة المدنية ضوابط صارمة لتوقيع الجزاءات على الموظفين، إذ لا يجوز توقيع أي جزاء إلا بعد التحقيق مع الموظف كتابةً وسماع أقواله وتمكينه من الدفاع، على أن يكون قرار الجزاء مسببًا.
وأجاز القانون أن يكون التحقيق شفاهة في حالتي الإنذار والخصم من الأجر لمدة لا تجاوز ثلاثة أيام، على أن يثبت مضمونه في القرار الصادر بتوقيع الجزاء.
ونصت المادة 60 على أن النيابة الإدارية تختص دون غيرها بالتحقيق مع شاغلي الوظائف القيادية، كما تختص بالتحقيق في المخالفات المالية التي يترتب عليها ضياع حق من الحقوق المالية للدولة أو المساس بها.
كما تتولى التحقيق في المخالفات الأخرى التي يحال إليها، ويكون لها بالنسبة لهذه المخالفات السلطات المقررة للسلطة المختصة في توقيع الجزاءات أو الحفظ.
وبالنسبة لسائر المخالفات، تلتزم الجهة الإدارية المختصة بوقف أي تحقيق تجريه إذا كانت النيابة الإدارية قد بدأت التحقيق في الواقعة نفسها أو ما يرتبط بها، ويقع باطلًا كل إجراء أو تصرف يخالف ذلك.
أما الجزاءات التي يجوز توقيعها على الموظف فهي:
- الإنذار
- الخصم من الأجر لمدة أو مدد لا تجاوز ستين يومًا في السنة
- الوقف عن العمل لمدة لا تجاوز ستة أشهر مع صرف نصف الأجر الكامل
- تأجيل الترقية عند استحقاقها لمدة لا تزيد على سنتين
- الخفض إلى وظيفة في المستوى الأدنى مباشرة
- الخفض إلى وظيفة في المستوى الأدنى مباشرة مع خفض الأجر إلى القدر الذي كان عليه قبل الترقية
- الإحالة إلى المعاش
- الفصل من الخدمة
أما الجزاءات التي يجوز توقيعها على شاغلي الوظائف القيادية فهي التنبيه واللوم والإحالة إلى المعاش والفصل من الخدمة.